为了让勒沃库森取得长足进步，1995年，已退役并担任体育部经理的沃勒尔说服前斯图加特队主教练道姆从土耳其归来执教，重建山河破碎的勒沃库森。道姆接手后，采取全力攻防的打法，严格管理球队，让勒沃库森整支球队焕然一新。1996年至1998年两个赛季，他们分别夺得德甲联赛亚军和季军，前锋基尔斯滕也两度荣膺最佳射手称号。
1996年夏天道姆入主勒沃库森之前，勒沃库森刚刚在1996赛季德甲联赛中险些降级。谁也不会想到，一支冬歇期前排名联赛前4的球队，竟然要在哈伯兰德球场和同为苦命人的凯泽斯劳滕争夺最后一个降级名额。结果，布雷默的眼泪让沃勒尔和舒斯特尔体面地结束了自己的职业生涯（讽刺的是，两年后，布雷默带着随升班马夺得德甲冠军的荣誉退役），而勒沃库森8胜14平12负、净胜球数高达37:38的成绩，让卡尔蒙德下定决心对球队进行改造更新。
1996年8月17日，以哈布兰德为主场的勒沃库森给了卫冕冠军多特蒙德四记耳光。基尔斯滕和塞尔吉奥这对锋线搭档势不可挡，流畅的传球和犀利的得分让这支球队和当时的“梦幻三人组”斯图加特一起，成为当时德甲联赛中最具吸引力和最受欢迎的球队。随后的半程联赛，道姆的球队以433/343阵型为主力阵型，确定了海宁/R.科瓦奇、诺沃特尼、瓦尔斯（哈普）海因策、N.科瓦奇（莱因霍夫）、拉米劳、泽埃利亚斯/林克、基尔斯滕、塞尔吉奥为主力阵容。除了主场败给拜仁慕尼黑外，仅略感意外的是被最终降级的杜塞尔多夫和圣保利以3分之差带走，创下了冬歇期前的最差战绩。 接下来的一轮比赛中，他们取得了4连胜，积分与拜仁慕尼黑相同，进球数也多于对手，然而在上半场最后一轮最后时刻，波鸿的沃茨用一记任意球将3分踢走，2:2的比分让他们眼睁睁地看着拜仁慕尼黑夺得上半场冠军（克林斯曼的进球让拜仁慕尼黑主场1:0战胜门兴格拉德巴赫），这也潜移默化地助长了球队在随后几年的起伏。
1997年情人节冬歇期后的首场联赛，他们在威斯特法伦被多特蒙德轻松3:1击败，随后又与杜塞尔多夫并列降级区，实在令人费解。不过在对阵拜仁慕尼黑的重头戏中，他们在哈布兰德球场以5:2大胜对手，上半场的三个进球险些让比赛提前结束。本场比赛拜仁的里齐泰利没有首回合的锋芒，而勒沃库森的基尔斯滕、塞尔吉奥以及荷兰前锋迈耶（后来转投利物浦）则发挥得淋漓尽致，彻底羞辱了卡恩的进球。本场比赛的胜利也让多特蒙德坐收渔翁之利，趁机与拜仁慕尼黑追平积分，而勒沃库森也找回了久违的状态和信心，在随后的比赛中紧追拜仁慕尼黑。
联赛第31轮，拜仁慕尼黑以0：0不敌降级奥林匹克联赛的弗赖堡，克林斯曼和特拉帕托尼积蓄已久的危机爆发。随后勒沃库森抓住机会，主场5：0血洗汉堡，将拜仁慕尼黑的积分优势变成了一分。由于多特蒙德和斯图加特的落后和后劲不足，联赛冠军的争夺进入了双雄争霸的局面。勒沃库森在第32轮比赛中以3：0率先战胜圣保利。基尔斯滕的两粒进球使他的进球数达到22个德甲球队名称，几乎锁定了射手榜第一。那场比赛，多姆的心理诱导战术让人津津乐道，上半场死气沉沉的勒沃库森在下半场精神抖擞，彻底主导了比赛。
但就在所有人都以为勒沃库森与拜仁慕尼黑的联赛之争将在最后一轮决出胜负时，勒沃库森的计划却在科隆落空了，丹麦球星莫滕·奥尔森（后转投阿贾克斯）执教的球队在奥地利流浪杀手波尔斯特的率领下以4-0击败了他们，波尔斯特甚至上演帽子戏法，以一球之差逼近了排在射手榜首位的基尔斯滕，另一边，拜仁慕尼黑队在奥林匹克球场以4-2逆转战胜斯图加特后，最终夺得冠军，这是勒沃库森在新世纪前最接近冠军的一次，21胜6平7负、进69球、失41球、积69分的战绩是当时队史最佳。 联赛亚军的安慰奖自然不如身后多特蒙德和斯图加特的欧洲冠军杯和德国杯，基尔斯滕的金靴奖也是他继1993年与法兰克福的加纳前锋耶博阿共同攻入20球后第二次获此殊荣。
从这个赛季开始，勒沃库森逐渐取代多特蒙德与拜仁慕尼黑对决。1998赛季是欧洲冠军联赛开始扩大规模的第一年，随着勒沃库森夺得德甲亚军，他们也有机会历史上首次在欧洲最高水平的俱乐部比赛中竞争。通过资格赛后，德国曾创下3支球队出现在欧洲冠军联赛小组赛24强的纪录。在两大德甲豪门纷纷招募球员的同时，勒沃库森的流出球员多于流入球员。先是1997年德甲最佳球员塞尔吉奥转会至泽曼的罗马队，随后荷兰前锋迈耶签约霍利尔的新科利物浦队。
唯一让球迷欣喜的是巴西人埃默森逐渐成为球队核心，而在皇马失意的泽·罗伯托也离开老东家弗拉门戈来到球队报到，与巴西前锋林克组成了活力四射的巴西帮。然而球队在1997年8月1日开始的联赛中战绩却非常糟糕，首轮就以0：1不敌新科联盟杯冠军沙尔克04，随后又被斯图加特、云达不莱梅和比勒菲尔德击败。道姆的球队一度在积分榜上大幅下滑，在欧洲冠军杯赛场上被蒂加纳的摩纳哥以4：0横扫。当时的亨利、特雷泽盖和伊克佩巴让勒沃库森感受到了欧洲冠军杯竞争的激烈与残酷。
在这段低迷时期，唯有老将克尔斯滕依然坚挺，正是他的进球和快速控制让勒沃库森没有落后太多，并让他们追上凯泽斯劳滕和拜仁慕尼黑。在冬歇期前的倒数第二场比赛中，他们在主场战胜拜仁慕尼黑，终结了对手14场不败的纪录，将差距拉近到最小。比赛中，虽然埃尔伯在比赛开始阶段将球顶进了海宁的球门，但扬克尔的头球让拜仁慕尼黑2:0领先。当沃恩斯从后面铲倒扬克尔并被红牌罚下时，没有人相信他们能扭转比分。但在上半场结束前，老将海因策的进球让他们看到了希望。中场休息后，克尔斯滕开始展现英雄本色，三次用头和脚踢球，让卡恩将球挑出球门。最终，比赛以4:2的比分结束。 这也是球队在1998赛季最伟大的一场比赛，凭借本场比赛的三粒进球，克尔斯滕超越凯泽斯劳滕老将马夏尔的13粒进球，再次位居射手榜首位。年底的欧洲冠军联赛小组赛中，他们在主场顽强地2:2战平摩纳哥，最终与对手一起晋级八强，这也是德甲历史上首次三支球队同时晋级八强。
得益于这场战胜强队的胜利，勒沃库森开始找回上赛季的雄风和锋芒。联赛冬歇期前的最后一场比赛，哈布兰德球场再次见证了他们的血腥厮杀：现任德甲主帅勒夫的斯图加特被他们6:1血洗，巴拉科夫、博比奇以及从汉莎罗斯托克转会过来顶替埃尔伯的尼日利亚前锋阿克波波利被基尔斯滕、埃默森和拉梅洛彻底挡在了门前。勒沃库森趁着这场胜利，向积分榜前两名的凯泽斯劳滕和拜仁慕尼黑逼近，以极其平和舒畅的心态进入圣诞和冬歇期的调整。
联赛下半程，勒沃库森开始奋起直追，事实上他们是德甲下半程抢分最多的球队，除了联赛第7轮客场爆冷败给阿里·代伊和巴盖里的比勒菲尔德外，他们在随后的联赛中保持了23场不败。诺沃特尼和沃恩斯默契的搭档让福格茨延续了在巴西的热身赛（德国1:2落败），巴西人埃默森的高水平发球让球队在中场位置上感到得心应手，前锋位置上的基尔斯滕自然也接连进球。
虽然球队在1998年3月的欧洲冠军联赛四分之一决赛中不幸被最终的冠军皇家马德里淘汰（0：0、0：3），但球迷们还是在哈兰德首轮比赛中看到了主队对白色巨人的疯狂进攻。联赛冲刺阶段，勒沃库森接连战胜云达不莱梅和慕尼黑1860，对前两支球队保持压力。其中，客场对阵1860的比赛最值得一提。如果说主场4：1横扫云达不莱梅是小惊喜的话，那么在奥林匹克球场开场70分钟就1：3落后的客队，最终在最后时刻完成4：3大逆转，令人难忘； 在与凯泽斯劳滕大战的重头戏中，勒沃库森在瓦尔特球场3:0大胜对手，将分差追至5分，同时逼近与卡尔斯鲁厄并列第二的倒霉拜仁。然而他们在最后一场联赛中再次失利，先后被升班马沃尔夫斯堡和柏林赫塔击败德甲球队名称，最终只获得联赛第三名，冠军属于那一年的凯泽斯劳滕神话。唯一小小的安慰是基尔斯滕以22粒进球卫冕联赛金靴。
1998年世界杯后，勒沃库森的主力中卫沃恩斯去了巴黎圣日耳曼，卡尔蒙德请来克罗地亚人日夫科维奇顶替他的位置，而当时名不见经传的波兰门将马蒂切克也加盟了球队，对海宁的主力门将位置造成了极大威胁。虽然那一年的联赛是拜仁慕尼黑的天下，但勒沃库森的表现同样可圈可点，尤其是在联赛第10轮（我17岁生日后一周）对阵落魄豪门门兴格拉德巴赫的比赛中，他们占据了主动，上半场3：1领先对手。谁也不会想到，奥地利名将波尔斯特的任意球竟然是门兴格拉德巴赫唯一的进球机会，8：2。1996赛季导致凯泽斯劳滕降级的劳施再次羞辱了门兴格拉德巴赫。 勒沃库森随后5连胜，以净胜球优势在积分上超越少赛一场的拜仁，然而随后他们在奥林匹克球场就投降了：上轮上半场，他们在奥林匹克球场被埃芬博格和扬克尔折磨，开场不到30分钟就缴械投降。
此后，汉莎罗斯托克成功在主场逼平勒沃库森，而拜仁慕尼黑则在补赛中大胜门兴格拉德巴赫，瞬间让德甲联赛再无悬念。在欧洲赛场上，除了拜仁慕尼黑与凯泽斯劳滕的欧洲冠军杯之争外，勒沃库森在1998年9月中下旬的欧洲联盟杯首轮比赛中客场1：1、主场1：0淘汰了意大利赛场上的黑马乌迪内斯，却止步于第二轮，被艾德沃卡特率领的“多国部队”格拉斯哥流浪者毫不留情地踢出了欧洲联盟杯的赛场。 最终勒沃库森位列德甲联赛第二名，再次获得安慰联赛亚军，战绩为17胜12平5负，净胜球数为61:30，积63分，落后冠军拜仁慕尼黑15分，为德甲历史最高。
1999年夏天，当全德国都在为拜仁慕尼黑的悲剧而叹息摇头时，勒沃库森在主教练道姆和胖帅卡尔蒙德的策划下，操作了当时德甲最好的交易：帮助汉莎罗斯托克成功保级的诺伊维尔低价加盟，法兰克福的边锋B·施奈德也低价加盟。而当时在凯泽斯劳滕表现平平的巴拉克，则让球队在之后的几年里有了精神领袖。加上极具潜力的布尔达里奇、庞特、格雷斯科的加盟，勒沃库森当时的人员配置还算合理。趁着拜仁慕尼黑还未从诺坎普的黑暗中走出来的迷茫，勒沃库森在联赛第二轮2:0战胜对手。基尔斯滕和诺伊维尔的进球，让拜仁慕尼黑开始了整个赛季对勒沃库森的坎坷追击。
欧冠小组赛，与拉齐奥、基辅迪纳摩同组一队的勒沃库森最终无缘出线。雷布罗夫的神勇表现，让勒沃库森不得不参加安慰赛——欧联杯。不料乌迪内斯这次报了仇，凭借客场进球优势，将勒沃库森逼出局。联赛准备充分的勒沃库森，除了联赛下半程客场被拜仁慕尼黑1:4击败外，一直到联赛最后一轮，保持着14场不胜不平的好状态。只要最后一轮不客场输给名不见经传的翁特哈兴，球队历史上首个联赛冠军指日可待。
于是，2000年5月20日，勒沃库森队史最惨烈的时刻到来了：翁特哈兴的全力封堵让勒沃库森失去了冷静：巴拉克在全场唯一一次回防中将球送入了自家球门，马特塞克已经够不着了……紧接着，前拜仁弃将奥贝雷特纳的头球彻底将勒沃库森送入了地狱。最终，拜仁和勒沃库森两队积分相同，净胜球优势让勒沃库森在领先了大半个赛季之后，最终被拜仁反超。当时的哈布兰德球迷的内心世界之苦涩和绝望可想而知。 让我们记住当时那些伤心欲绝的人的名字：马蒂切克、里布、R.科瓦奇、诺沃特尼、日夫科维奇、哈普、本德施奈德、埃莫森、巴拉克、拉梅洛、贝里希、诺伊维尔、林克、基尔斯滕、泽·罗伯托、布尔达里奇、庞特、格雷斯科……在勒沃库森成名的卢西奥。
2001赛季或许是很多勒沃库森朋友都不愿回忆或提及的。虽然道姆因为带队的出色表现被德国足协选为里贝克的接班人，他也开始注重自己在德甲的形象（身穿天蓝色西装），但谁也没有想到，10月份关于宿敌赫内斯的毒品流言直接击垮了道姆。由于药检结果呈阳性，道姆被迫辞职，失去了国家队教练印章（沃勒尔赶赴俱乐部和国家队挽救了局面）。勒沃库森的成绩也一落千丈，让球迷们惋惜不已。福格茨和利特巴尔斯基的看守内阁一度让人充满希望，但不稳定的成绩还是让这个二人教练组合没能继续下去。唯一的希望是冬歇期后加盟的国际队球员卢西奥和河床队球员普拉森特……
在欧洲冠军联赛中，与皇马、莫斯科斯巴达克、里斯本竞技同分在A组的勒沃库森再次排名第三。2002年的欧洲冠军联赛决赛，皇马主客场双双战胜他们（5：3、3：2）。跌入联盟杯第三轮的勒沃库森被雅典AEK绊倒，在主场4：4疯狂战平后，两周后便在雅典被对手淘汰。纳瓦斯和查塔斯上半场的进球宣判了勒沃库森死刑（CCTV-5对本场比赛进行了直播）。在联赛中，他们只能眼睁睁地看着沙尔克04发挥出昔日的风采，却成为拜仁慕尼黑最终登顶联赛的垫脚石。 倒数第三轮，哈布兰在泽·罗伯托浪费数次绝杀机会后，圣克鲁斯在比赛结束前将绍尔的角球顶进球门……最终，勒沃库森夺得联赛第四名，成为德甲联赛四个欧冠席位中的幸运儿。
2002赛季如今被视为俱乐部历史上最辉煌的一个赛季，虽然最终没有拿到冠军，但那一年的勒沃库森依然被人们津津乐道。在福格茨、利特巴尔斯基下课后，前波鸿主帅托普穆勒成为勒沃库森新任主帅，并买下嫡传弟子、土耳其坦克巴斯图尔克（比2000年夏天转投罗马的埃默森还要厉害），签下沃尔夫斯堡的塞贝岑（当时参加了德国与荷兰的友谊赛，结果搞砸了……）、汉堡的点球门将布特、保加利亚前锋贝尔巴托夫等实力球员，组成了队史最鼎盛的阵容：布特/塞贝岑、日夫科维奇、卢西奥（巴比奇）、普拉森特/施奈德、拉梅洛、巴拉克、巴斯图尔克/布尔达里奇（贝尔巴托夫）、诺伊维尔（基尔斯滕）。
球队在德甲、德国杯和欧洲杯上所向披靡，前14轮联赛10胜4平，创造俱乐部最佳开局，并于2002年5月14日自1993年以来首次闯入柏林决赛，对手是卫冕冠军沙尔克04。在欧洲杯上，也成功从巴塞罗那、里昂和费内巴切组成的小组中突围，并在小组赛第二阶段与拉科鲁尼亚一起以小组头名身份击败阿森纳和尤文图斯晋级下一轮。在淘汰赛中，将英格兰两支红队利物浦和曼联送回家乡，并于2002年5月15日首次闯入在苏格兰格拉斯哥汉普顿公园球场举行的欧洲杯决赛。不过，勒沃库森在联赛中始终实力较弱。 他们领先死敌拜仁慕尼黑7分，4:0击败多特蒙德。然而他们又一次葬送了自己的前程，在最后2、3轮比赛中，又先后被云达不莱梅和纽伦堡击败。最终，多特蒙德以1分优势抢走了原本囊中之物的德甲沙拉碗。一周后的柏林决战，沙尔克04没有给勒沃库森留下什么心灵鸡汤。虽然贝尔巴托夫取得领先，但沙尔克04的博赫梅、阿加利、穆勒和桑德最终让德国杯再一次镌刻上了鲁尔区蓝领工人的名字……
曾两夺德甲亚军的勒沃库森随后在欧洲冠军联赛上被白衣巨人戏剧性逆转，成为对手百年华诞最好的礼物。巴拉克是那一年最失意、最郁闷的，除了前面提到的三次亚军，他在德甲的进球数和助攻数也都排在第二位。随着一个月后的世界杯亚军，巴拉克成为那一年“吉尼斯足球亚军王”史无前例的获得者。唯一值得安慰的是，主教练托普穆勒被评为该赛季德甲最佳教练。
赛季结束后，主力球员巴拉克、泽·罗伯托转投宿敌拜仁慕尼黑，球队成绩也随之下滑，整个赛季球队都徘徊在降级边缘。2003年2月，球队解雇了托普穆勒，接任的托马斯·霍斯特经验不足，7场比赛只得到10分，上任仅8周便主动辞职。球队任命克劳斯·欧根塔勒带队挽救球队，在上轮比赛中战胜了自己之前执教过的纽伦堡，幸运地保住了头等舱席位。下个赛季，球队重回正轨，力压年轻球队斯图加特，夺得联赛第三名，并进入下赛季的欧冠联赛。
2004/05赛季，勒沃库森在欧冠小组赛中，分别以3-0和3-1的比分战胜西甲豪门皇家马德里和意甲狼罗马，遗憾不敌利物浦，后者在1/4决赛中惊天逆转AC米兰夺冠。2005/06赛季初的成绩不尽如人意，四轮比赛仅取得一胜，欧洲联盟杯主场0-1不敌索菲亚中央陆军（最终以两轮累计0-2惨败淘汰），创下20年来赛季最差开局。欧根塔勒被解职，前德国国家队主帅鲁迪·沃勒尔出任临时主帅，随后其国家队助理教练米歇尔·斯基贝出任正式主帅。不过斯基贝上任之初并未能走出低谷，成绩也没有特别起色。 上半场的表现极其低迷，但冬歇期过后，勒沃库森如梦初醒，重新找回了胜利的感觉。
联赛下半程他们总共收获了33分，比同期联赛亚军不莱梅的积分仅少1分，最终成功拿到了欧联杯的入场券。当时巴内塔还凭借6球7助攻的精彩表现获得了该赛季最佳新秀。唯一遗憾的是，球队的最佳射手、保加利亚人贝尔巴托夫以1650万欧元的转会费离队加盟热刺，不过相比于巴拉克和卢西奥，或许也算是球迷们的欣慰。2006/07赛季，球队迎来了纽伦堡前锋、时任德国U21队队长基斯林，但球队整个赛季的表现只能用差强人意来形容。 联盟杯1/4决赛首回合比赛中，他们以0:3惨败于西甲奥萨苏纳，使得次轮客场之旅变得毫无意义，最终以0:4的总比分惨遭淘汰。
但就在勒沃库森的黑暗岁月里，却迎来了一颗新星，那就是当时年仅22岁的门将阿德勒。虽然是联赛首秀，但他却用惊艳的表现征服了所有人，帮助勒沃库森在维尔廷斯球场全取三分，并成为当轮最佳球员。俱乐部高层做出了一个痛苦的决定，将为球队效力多年的布特放到了替补席上。后来的事实证明，阿德勒完全有能力站在勒沃库森的球门前，球队最终拿到了欧联杯的参赛资格。
2009年5月，2008-09赛季德国杯决赛，勒沃库森0-1负于不来梅德甲球队名称，获得亚军，连续第二年无缘欧洲足坛。
2009-2010赛季，海因克斯开始执教勒沃库森
2010-2011赛季他们成功挤下拜仁闯入欧冠资格赛，并以联赛第二名的成绩挺进欧冠决赛。北京时间2011年3月21日晚，德甲俱乐部勒沃库森通过官方网站宣布，球队现任主教练海因克斯将在2011赛季结束后离职，弗赖堡现任主教练杜特将在2012年夏天正式接任教练一职，双方将签署为期两年的合同。
2011-2012赛季，勒沃库森在德国杯首轮遭淘汰，全队全力备战新赛季及欧冠，凭借主场全部获胜，包括主场2:1战胜切尔西，提前晋级欧冠16强。四连败后，勒沃库森解雇杜特尔特，二队主帅莱万多夫斯基接任，海皮亚出任助理教练。最近六轮比赛，形势逆转，2平4胜，最终位列联赛第五。
2012-2013赛季，基斯林荣膺德甲最佳射手称号，球队夺得联赛第三名并晋级下赛季欧冠小组赛。
2015-2016赛季，勒沃库森夺得德甲联赛第三名，直接获得下赛季欧冠资格。
2020年7月，第77届德国杯决赛，勒沃库森2-4不敌拜仁慕尼黑夺得亚军，斯文·本德和哈弗茨为勒沃库森进球。
2022年5月14日，德甲联赛最后一轮比赛，勒沃库森主场2比1战胜弗赖堡，巩固了联赛第三名和下赛季欧冠资格，并打破了球队单赛季进球纪录（80球）。